Verneverdiene blir nå bedre beskyttet mot blant annet fiske med bunnredskaper, mudring og dumping, og nye bygg og anlegg. 

Norge og FNs miljøprogram jobber for tiden for å sikre verdens kaldtvannskorallrev, og dette er et viktig skritt på veien. Totalt vernes 354 kvadratkilometer på vest- og sørsiden av øyene på Hvaler. Også strandlinjen og mye av kystskogen vernes, og noen eksisterende naturreservater innlemmes. 96 % av nasjonalparken er under vann.

Under vannflaten utenfor Hvaler er det flere rev av kaldtvannskoraller (Lophelia pertusa). Det største korallrevet, som befinner seg på nordsiden av Tislerøyene, er dokumentert til å være 1200 meter langt. Slike rev er svært skjøre, og tar lett skade av både tråling og forurensning. Det er registrert både gule og hvite varianter av disse ekstremt saktevoksene kaldtvannskorallene i området. 

De marine forholdene i skjærgården her er spesielle på grunn av utløpet til Glomma, som bringer med seg ferskvann med mye næringsstoffer. Men viktigst er at hvalerdypet via norskerenna bringer salt og kaldt atlanterhavsvann inn i området.